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Hypothes.is Annotate Everything

Sun, 03 Sep 2017 00:00:00 +0000

The Hypothesis extension is a general purpose annotator you can carry around the web with you. Use it to have a discussion on web pages or PDF documents, to organize your research, or leave personal notes.

今天我要跟大家介绍一款在线标记注释开源免费服务：Hypothes.is。这款工具诞生于2011年，由非营利组织Hypothes.is开发创建。创始人Dan Whaley旨在建立一套Web注释的通用标准，并为广大学者、教育工作者等搭建一个便捷的在线注释评论平台[1]。简单来说，有了它，我们就可以在线为网页文章或PDF文档标记、注释、评论。

使用

如何使用H呢？有几种方式。1.将一段JS代码添加为书签，点击书签打开；2. 通过via.hypothes.is；3. 个人强烈推荐安装官方插件[2]。具体可参考官方教程或者以下的视频。

主要步骤如下所示：

注册账号：Hypothesis
安装Chrome扩展程序 Hypothesis
在任何你需要操作的网页激活程序，然后选中文字，就会弹出Highlight与Annotate的图标，点击右侧浮层可以展开评论框。H的评论系统做得很精致，支持latex、Markdown、图片乃至视频等。

我们可以这样理解为，H为我们增加一个额外的图层，覆盖于原网页或文档，如同PS里面的图层，有别于传统的评论系统（在网页下方），如今你可以在网页的任何位置对文字进行操作，整个页面变得更为立体化[3]。我的博客现在就已经集成了H，留意一下网页的右边界，点击浮层，你便可以展开评论框，看到我悄悄写下来的笔记，也欢迎大家积极交换意见。

PDF标注

类似的服务其实有很多，例如前两天我刚介绍的Liner，但进行在线文档标记之前，Liner要求用户将PDF文档上传至服务器上。而Hypothesis非常巧妙地解决了这问题，它可以直接对在线文档乃至本地文档进行标注[4]，这是一大亮点。为什么呢？

我们假设一个场景。我需要对一份PDF文档进行标注，并与其他人实时同步，标注内容永不冲突、永不消失。我日常的文档基本存放在Google Drive，我的办公电脑有台式机、Chromebook、HP Notebook。按理说，我个人使用是不需要操心，因为我的所有操作基于云，文档同步过来都是同一份。但同样一份稿子如果发到团队其他人手里呢？相信大家都见过一份稿子存在终版、最终版、不再修改版等等情况。我们每个人所做的标注仅仅是在当下这份文档上，你能得到及时更新么？你能确保在同一份文档上面别人所做的批注，你在下一秒就可以看到么？在A电脑做的评论不经复制，能同步到B电脑么？有了H，这样尴尬的情况将得到大大的改善，我个人认为这是革命性的突破。开发者巧妙地借助PDF的fingerprint，将其作为唯一标识码，这样子，同一份文档，复制成N份，分别命名为1234，分发到N个人手里，他们在这份文档进行的操作都能即时同步、不冲突,不管是线上还是本地文档。这便是所谓的协同式批注，运用场景可以是期刊审稿、教学互动、团队学习、个人装逼等。

开源

此外，Hypothesis的开源性质也使得整个开发环境非常友好。我们可以看到有不少学者利用官方API开发了一些小工具，例如数据导入、导出等，有了API，你可以做的事情就很多了，譬如用Python、R等语言去获取你的数据，如虎添翼。通过它收集数据，导出数据，借助tag，便可以将信息结构，方便后续处理。有学者便是利用它收集文献的基本信息，我觉得这是一个相当优雅的操作，其背后的思想值得学习。David Kennedy是一名神经生物学家，他日常需要阅读一些文献，并提取信息，所以他便借助H进行了此项工作，借助不同的tag去标记，最后合成一份文献阅读报告表，相当酷[5].

花了差不多一个周末研究，收获颇丰，幸福感十足。
一个人活成一只队伍大抵便是如此。
希望对大家有所帮助。

参考资料

Liner, Light in Chrome

Fri, 01 Sep 2017 00:00:00 +0000

扯闲篇

好久不见，不如不见。
过去三个月，一直在各个科室里来回轮转。
也算是体验到了早起赶车睡眠不足的痛苦。
夏天本就是一个很躁的季节，加上稿子被压着，人也焦虑与不安，总想着那些看不着的未来。
玩玩新玩意、新技术，看看电影，听听音乐成为少有的释放口。
对了，最近还入农药坑，打打杀杀其实没啥意思，不过是暂时缓解的手段。
打住。

问题

日常浏览各类网页，不可避免需要遇到随手摘抄或者记录相关信息的情况。
常见的操作流程可能是：

打开记事本或者云笔记软件
选中相关文本
复制粘贴，同时记录信息来源

此类操作的缺点有如下几点：

操作繁琐，你可以数一数一共需要多少次点击操作
信息存放零散，不利于后期整理与搜索
再次浏览同一页面，高亮信息无法自动加载
不利于分享交流

需求

本着“能一步完成的绝不走第二步”的执念，我开始搜索相关利器。
其实我的需求很简单。

跨平台，自动同步
支持快速启动
选中即标注
评论与分享功能
信息组织搜索归档功能
方便分享、导出、备份
自动加载高亮文字

Liner

很幸福，这世界的确存在着这样的产品。
它的名字，Liner。
我的需求，它基本能满足。
你所需要做的，便是安装、注册、激活、标注。
要的便是这般简洁。
官方简介

基本操作流程

希望对大家有所帮助。
此外，这玩意唯一的缺点就是贵。不，是我太穷。

善用RSS进行文献追新

Tue, 30 May 2017 00:00:00 +0000

扯扯淡

好久不见，不如不见。
过去两个多月，我经历了一场不堪回首的十科考试。
在这过程中也穿插了一次比较有意思的投稿返修经历。
有一位审稿人如是说：
“The findings are interesting but the presentation of the results and comparison to what’s already been reported in the literature is limited.”
这是一个很尴尬的事实，因为我的文献调研工作并没有做到位，有一两篇重要的文献并没有跟进或者”选择性忽略”。
虽然经过数据补充分类比较，最终结果还算不错，文章也被接收，但这件事还是提醒了我以后一定要在文献追新上面做足工夫。

追追新

今天我想简单分享一下我的文献追新策略。
一般来说，文献检索主要得考虑查全率和查准率，它们之间的平衡很难把握，需要不断地训练训练再训练。常用的检索平台有Pubmed, Google Scholar, Web of Science以及Google等等。不同平台支持不同的检索语句，所以我们需要针对不同的检索平台，有目的地调整相对应的检索语句，以求得最佳检索效果。相应的检索策略并不在本文讨论范围之内，具体可以参阅相关培训教程资料。
假设你今天对相应课题进行相应背景文献查阅，你所检索的文章截止时间顶多是今天，你无法确定明天、后天乃至在你项目施行过程中相关研究是否有更新，甚至你的研究点有可能被抢发了。 这个时候，文献追新就显得尤为重要了。

RSS

常见的文献追新方式有邮件订阅以及RSS订阅。 我个人比较喜欢用RSS。为什么不选择邮件呢？因为邮件可触发的下游动作太少了，你的邮箱极有可能堆积一堆未读文献；而借用RSS阅读器和IFTTT，你可以有更多操作选择，譬如快速分享、快速转存等等。

实操

以下我就以神奇的P53简单展示一下如何获取Pubmed相应关键词的RSS（我目前用的阅读器是Inoreader）。

通过以上简单的操作，以后你就能躺着等着P53送上门。

小技巧

Google Scholar目前无法通过RSS订阅，但你可以去折腾，譬如把邮件转化为RSS；
WOS可以获取RSS；
Google可以通过Google alerts，不过我觉得精准度不够，很多都是新闻；
Twitter号称学术研究者的朋友圈，你可以通过关键词检索去获取相应信息，借助IFTTJ和Webhooks可以轻松生成RSS。
能用RSS的绝不用邮件！

网盘搜索哪家强，目前非胖次莫属

Sun, 19 Mar 2017 00:00:00 +0000

此前写过一篇如何高速下载百度网盘资源的文章。
使用 Aria2 下载百度网盘资源 - Adobe
那么我上哪去找资源呢？
过往我都是通过Google search关键词site:pan.baidu.com keywords, 不过最近我发现这种方法已经失效，具体原因未明。
为此我还测试了Bing和Baidu搜索引擎，结果发现Baidu自动屏蔽该检索字段，而Bing的检索效果还不错。

当然我今天还想介绍一款非常不错的资源搜索利器：胖次网盘搜索。
胖次搜索界面相当二次元，个人不是很能接受，但并不妨碍我的使用，而且他的检索效果非常非常不错，强烈推荐。

oaDOI,Google Scholar Button, Toby(Video)

Sat, 18 Mar 2017 00:00:00 +0000

第一次使用视频外链，测试一下，顺便展示三款Chrome扩展程序：

oaDOI
Google Scholar
Toby

Disable “disable Chrome developer mode extensions” pop up(Repost)

Fri, 17 Mar 2017 00:00:00 +0000

This is how to get rid of that popup appearing every time you create your own local extension in Chrome.

Create a .bat file and name it DevWarningPatch.bat. Save this to the desktop.
Add the contents below to the bat file.
Make sure to close Chrome and end all chrome.exe processes.
Rightclick the batch file and run it as administrator: it will find & patch all applicable chrome.dll Alternatively you can drag’n’drop chrome.dll onto the batch file

References:
[1]Chrome “disable developer mode extensions” pop up
[2]disable “停用開發人員模式擴充功能” warning
[3]windows - How to hack chrome.dll to get rid of the “disable developer mode extensions” pop up

文献下载必备插件

Wed, 15 Mar 2017 00:00:00 +0000

如何下载文献呢？
正规途径当属学校图书馆所订阅的数据库资源。不过实际使用过程中往往无法覆盖我们所需要的文献。
今天，我主要简单列举三个不错的插件。

第一，当属神器，SciHub，这是一个神奇的网站，老毛子出品。如果一篇文献在该网站都无法下载到的话，那么基本也就没辙了。
第二，Google Scholar Button
第三，Unpaywall

举个例子，我快速获取如下文献，只需点击相应按钮即可。

使用Aria2下载百度网盘资源

Tue, 14 Mar 2017 00:00:00 +0000

最近总是见到有朋友在抱怨百度网盘限速。
对于百度网盘的此种行为，我个人是十分鄙视的。
超级会员加速无可厚非，但不是建立在牺牲普通用户下载速度的基础上。
所以这笔会员费我目前不会买单。
排除付费会员的途径之外，要获得正常下载速度，只能通过一些非常规手段了。

这里我将简单介绍一下如何用Aria2下载资源。
运行系统：Win 10+Chrome 56
你需要准备一下资源：

百度网盘插件BaiduExporter
Aria2软件aria2

1.安装插件

将百度网盘插件拖入谷歌扩展程序界面进行安装。

2.配置Aria2

可通过编辑aria2.conf文件，自定义相关选项，譬如文件存放目录。

3.运行Aria2

4.访问百度网盘

下载速度还可以。

RUN GREADER ON CHROME IN WINDOWS(Repost)

Tue, 14 Mar 2017 00:00:00 +0000

Download the runtime
Unzip file and load the directory as an unpacked extension in Chrome
Go to Extensions in Chrome and enable Developer mode. Press Load unpacked extensions… button and choose the unzipped directory
Download gReader Chrome extension
Unzip file and load the directory as an unpacked extension in Chrome
Click on Launch to load gReader.

Source: Run gReader on ChromeOS or Chrome in Windows, MacOSX and Linux - noinnion

好久不见

Sun, 12 Mar 2017 00:00:00 +0000

好久不见！
距离上一次更博大约有半年。
不想它荒废掉，还是会更新。

写了删删了写。
留下两个问题。

“分享的意义在于什么？”
“你想要的到底是什么？”